在远离大都会的小山村，住着巫女世家出身的高中女孩宫水三叶（上白石萌音 配音）。校园和家庭的原因本就让她充满烦恼，而近一段时间发生的奇怪事件，又让三叶摸不清头脑。不知从何时起，三叶在梦中就会变成一个住在东京的高中男孩。那里有陌生的同学和朋友，有亲切的前辈和繁荣的街道，一切都是如此诱人而真实。另一方面，住在东京的高中男孩立花泷（神木隆之介 配音）则总在梦里来到陌生的小山村，以女孩子的身份过着全新的生活...

《邻居?同居2》故事中，小葵（上白石萌音饰演）因为不愿与好朋友小萌分开，所以选择不跟着父母搬家，独自一人在外生活。当小萌向学校的白马王子柊圣（杉野遥亮）告白、惨遭拒绝之后没多久，柊圣竟然搬到了小葵住处的隔壁。然而痛恨柊圣的小葵在不经意之中渐渐发现他的多种面貌，对他的感觉也逐渐起了变化。两人还因为一场突然的意外，起始了同居生活。此外，还加上了柊圣的堂弟玲苑（横滨流星饰演）的三角关系，究竟会变得如何呢...