将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜爱的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”回忆如潮水般涌来，淹没了我全部的坚强，只留下无尽的悲伤。　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种昏暗势...